سيدنا امير جعفر روح اللّه روحه ، عابد و زاهد روزگار خود بوده . و آن مقدار رياضت و مجاهدت كه از وى بظهور رسيده از مشايخ متأخرين از كسى به ظهور نرسيده . در ابتدا ربقهء ارادت خال خود ملا ميرزاى لنگرى كه از جملهء اصحاب پسنديده شيخ المشايخ شيخ درويش محمد داشگر بوده‌اند نموده و حضرت شيخ صبيه غفيفهء خود را به عقد مناكحت وى درآوردند . نقل است در آن شب كه عقد مناكحت را واقع شد ، حضرت شيخ درويش محمد كه خال وى بوده‌اند حضرت رسول اللّه صلى اللّه عليه و سلم را در خواب ديدند كه بغايت مسرور بودند و يقين شد كه ابتهاج و سرور آن حضرت جهت اين وصلت بوده . نسبت شريف وى به سادات عظام كه در قريهء شمعان هرات‌اند مىرسد . و به حضرت مولانا مقيم كه از اعزهء وقت و به سلسلهء عليهء حضرت خواجگان نقشبنديه بوده‌اند رابطه مودت و اتحاد تمام داشته . و به زيارت حرمين شريفين رسيده‌اند . و بعد از مراجعت چند وقت در مسجد زيارتگاه رياضت شاقه كشيده‌اند و از وى كرامات فراوان بظهور رسيده . چون مريض شده ايشان را به محل اصلى ايشان آورد وفات نمود . مدفن ايشان در قريه شمعان است . مشهور است كه در آخر ، سخن دنيوى نمىگفته خاموش بوده‌اند . روزى مولانا محمد حسين سياوشانى كه از اعزهء وقت بوده‌اند التماس سخن كرده ، بعد از مدت سر بر آورده گفتند : « بيت » هرگز نفسى بىرخ آن ماه نباشم * ترسم كه نگاهى كند آگاه نباشم و ديگر هيچ نگفتند . ملا محمد حسين را تأثير عظيم كرده بيرون رفت . وفات وى در سنهء هزار و بيست و هشت هجرى واقع شده . تاريخ وفات‌شان را استادى چنين به نظم آورده است : « قطعه »